Im Rahmen eines internen Bewertungsverfahrens werden unter Hinzuziehung externer Gutachter die besten Projektvorschläge des jeweiligen Aufrufs für eine Förderung ausgewählt. Dabei werden bis 2013 jährlich durchschnittlich 65 Mio. EUR an Fördergeldern an erfolgreiche Projekte vergeben. Die Gelder werden bei entsprechendem Projektverlauf in ca. drei Raten an die Konsortien bzw. Unternehmen ausgezahlt.

Maßgeblich für den Erfolg der eingereichten Projekte ist ausschließlich die Qualität der Projekte hinsichtlich des zu erwartenden Erfolgs (z. B. Verlagerungsvolumen, Einsparung externer Kosten), der Eignung der Projektpartner (z. B. Kompetenzen, Kapazitäten) sowie der Darstellung des Projektes im Rahmen des Wettbewerbsverfahrens (Verständlichkeit, Glaubwürdigkeit, Professionalität). Es gilt, mit der Darstellung des geplanten Projektes das Auswahlgremium der Agentur sowie die Gutachter zu überzeugen.

Eine Benachrichtigung der Antragsteller über den Erfolg des Antrags erfolgt ca. vier Monate nach Annahmeschluss (Schließen des Calls). Mit der Benachrichtigung werden gleichzeitig die Vertragsverhandlungen eröffnet. Nach Vertragsabschluss (ca. acht Monate nach Annahmeschluss) erfolgt die Auszahlung eines 30 %igen Vorschusses auf die Gesamtfördersumme, sofern dieser in Anspruch genommen wird.